תכנית עמיתי אייסף לדוקטורט פועלת לתמיכה בדוקטורנטים באמצעות מלגות בארץ ובחו"ל בכל המדעים. במשך שנות פעילותה תמכה התכנית באמצעות נתינת מלגות בקידום הקריירה האקדמית והמקצועית של מאות דוקטורנטים ופוסט-דוקטורנטים מהפריפריה שהשתלבו בעמדות מפתח מחקריות, עסקיות וציבוריות באקדמיה ומחוצה לה.
בנוסף לקבלת מלגה, התכנית מספקת מסגרת של תמיכה חברתית רחבה בין העמיתים לדוקטורט, ובינם לבין בוגריה, הכשרה עיונית ואקדמית באמצעות מפגשים חודשיים וכן ליווי העמית במידת הצורך לביצוע המחקר.